虽然地方政府对城际铁路建设一直有较高积极性，但受制于资金问题，我国城际铁路建设正走向低谷。“今年地方政府上报的城际铁路规划不多，截至目前，我们也还没审批新的城际铁路规划。”国家发改委基础产业司副处长崔鹏对记者表示，虽然现在还没有明确的文件出来，但原来城际铁路的建设是以铁道部和地方政府联合上报为主，现在则主要是以地方政府上报为主。
工程院院士、中铁隧道集团副总工程师王梦恕表示，目前各个省市都有建设城际铁路的冲动，铁道部也有意下放城际铁路建设主导权，即在城际铁路的建设中不再谋求控股地位，但这个口子也不会全开，因为有些地方政府目前尚不具备开工建设的资金能力。据记者了解，在已开工建设和已开通运营的城际铁路中，铁道部基本上都处于控股地位，如在宁安城际铁路中，铁道部占50%，皖苏两省共占50%；在青荣城际铁路建设中，铁道部出资占70%。
现实的情况是，即使铁道部下放城际铁路建设主导权，地方政府想建设城际铁路也是“有心无钱”。
一方面，一些地方政府仍在积极筹划城际铁路建设。成资泸城际铁路和福建沿海城际铁路仍在积极规划当中，厦泉漳龙城际轨道也已经进入线网规划、选线及换乘枢纽方案论证阶段。《四川省“十二五”综合交通建设规划》提出，“十二五”期间四川将建成成绵乐城际铁路、绵遂内自宜城际铁路，开工建设乐山至自贡至泸州、宜宾至泸州城际铁路。
另一方面，地方政府筹建城际铁路大多面对资金瓶颈。据记者了解，去年多个省份未能完成铁路基建的年度计划，并且今年地方政府在铁路基建上的投资有进一步下降的趋势。
据媒体公开报道，去年江苏省铁路建设计划投资400亿元，实际完成96亿元，仅占计划的24%。2012年江苏省铁路投资为150亿元，较去年400亿元的年度计划也缩减了六成多。福建2011年在建铁路完成工程投资230亿元，而2012年福建省铁路建设投资安排资金210亿元。原计划2012年建成通车的成绵乐城际铁路，目前部分路段的施工还在艰难复工中。
此外，因融资出现困难，一些城际铁路的建设步伐已经放缓。计划2011年正式通车的武黄城际铁路、武咸城际铁路，开通时间推至今年年底。
“原来在城际铁路的建设中，铁道部占控股地位、出资多，地方政府跟进的速度也比较快。现在城际铁路建设‘蔫下来’了，即使让地方控股，很多省份也不愿意跟进。”发改委综合运输研究所交通运输技术发展研究中心主任郭文龙对记者表示，高铁和城际铁路是铁道部铁路基建的重心，现在铁道部资金非常紧张，只能保障重点项目，所以铁道部对城际铁路有所放权，也不要求控股，虽然目前城际铁路中的建设主导权和运营主导权问题还不清晰，有资金保障的话可以允许地方政府建设城际铁路，但是现在看来，地方政府是“有心无钱”。
崔鹏表示，去年以来地方各省市和铁道部的资金都很紧，如果城际铁路的建设以地方为主的话，地方政府将面临很大的压力。为了解决资金问题，广东在探索城际铁路新的融资方式。广东省于1月19日印发的《关于完善珠三角城际轨道交通沿线土地综合开发机制意见》称，将城际铁路沿线开发规模分为红线内开发用地规模和红线外开发备选用地规模 ， 实行 “ 以地养路”，将城际铁路沿线的开发收益用来弥补建设和营运的亏损。
“铁道部放开城际铁路建设主导权以后，城际铁路的建设要找到解决资金的路径，不解决资金问题，城际铁路无法发展，地方自己也要想办法解决资金问题，在投融资方式上有一些摸索 。 ” 崔鹏表示，对于城际铁路的建设和发展，目前也正在寻找一个新的方向，除了政府投资以外，还要吸引民间投资，虽然目前在吸引民间资本方面还有一些障碍。
最大障碍是城际铁路的盈利能力差，让民间资本望而却步。郭文龙表示，目前开通运营的很多城际铁路都不赚钱，城际铁路投资又大、盈利能力差，这很难吸引民间资本进入。另外，城际铁路还存在建设规格高的问题。城际铁路的主要特点是大能力、多停站，而目前规划的城际铁路基本上都是按照高铁标准进行规划建设的，就是距离长、停站短，这不便于发挥城际铁路的优势。
