同时，现场调查发现哈大客专该段出现排水管位置杂物过多，容易堵塞排水管，造成排水不畅。以及个别地段咽喉区道床板伸缩缝及路基封闭层纵向伸缩缝封闭效果不好等问题。
在上述问题被发现并受到铁道部的批评之后，哈大客专进行了大范围整改。
一位客运专线专家表示，主要补救措施是路基注浆和表面封闭的方式。所谓路基注浆，就是在路基上钻孔，然后向路基注入水泥灰浆，提高路基的密实度，然后用沥青作为防水层，对路基表面进行封闭处理。
开通后问题仍未彻底整改
整改之后，哈大客专通过了验收和试运营，并于2012年12月1日正式运营。
对于此前问题是否得到彻底整改的问题，中铁三院哈大客专项目部总工张西泽在接受媒体采访时表示，项目部开展了哈大高铁客运专线路基防冻胀特点以及防冻胀措施，以及防冻胀结构设计参数的研究，相关研究成果纳入设计，同时设计也得到了本线试验段的验证，结果证明设计措施是有效的。
哈大铁路客专总工赵世运同时表示，通过建设和联调联试，哈大高铁的总体质量和变形情况能够满足哈大设计要求。
然而，熟悉内情的人士表示，事实并非如此，用沥青做防水层进行封闭处理后又出现新的问题，沥青在极端气候下也发生了裂缝等问题，路基的密闭性依然成为问题。
哈大客专为此专门组织科研机构展开对路基面接缝修补和路基混凝土板接缝密封材料的试验。
而据记者掌握的一份密封材料的试验研究大纲显示，该研究项目的进度安排要求2012年10月1日起至2013年6月31日完成室内实验工作，完成技术编制，完成试验报告编制，进行专家评审。至于实际大范围地应用，时间更是远远在后。
按照这份大纲，哈大客专问题的彻底整改，肯定无法在原定实行夏季运行速度的4月1日之前完成。
中国工程院院士王梦恕表示，实际上高寒区域高铁的防冻胀技术，中国不是没有。
王梦恕说：“青藏铁路的地质和气候条件比哈大客专更加复杂，施工更为艰难，但其在抗冻胀方面做得非常到位。
“虽然青藏线是有砟轨道，而哈大线是无砟轨道，但抗冻胀技术应该是大致相通的，仅需要做小小变通即可。”王梦恕如是说。
事实上，哈大客专此前曾经在成高子试验段作过高寒地带铺设无砟轨道防止冻胀的工程试验。资料显示，2008年11月，来自铁道部科技司、工管中心、铁科院、中铁第一勘察设计院、中国铁建(5.18,0.01,0.19%)等单位的专家，在哈尔滨召开了哈大客运专线成高子试验段阶段成果审查会。时任铁道部科技司吴克俭副司长对该试验给出了正面评价：“该试验对防冻胀下了大功夫，取得了成果。要深化和细化防冻胀和防开裂措施。”
然而，该技术并未在哈大客专上应用，一位参与该试验的西南交大教授表示，部分原因是该试验的条件跟哈大线并不完全吻合，所以不能完全照搬。
但王梦恕认为，最根本性的原因是哈大客专方面想省钱和省时。
然而，如今工程质量问题的烂摊子已经造成，整改起来既费时又费钱，一位高铁材料制造商称：“要把混凝土路基裂缝间的沥青全部扣掉，换成新型密封胶，工程十分麻烦，而且哈大高铁已经在开通运营，对施工人员来说也十分危险。”
后期整改所花的钱和精力，也许远远多于当时省下的那些钱。而这些钱，大多数在工程的层层转包中进了各个环节经手人的腰包之中。
